Bazı oral ülserlerin altında yatan neden, sistemik yani tüm vücudu etkileyen hastalıklar ya da ağız içindeki bir sorundan kaynaklanmaktadır. Ancak yaraların çoğunun nedeni bilinmemektedir. Oral ülserlere; genetik özellikler, yiyecek ve içecekler, ilaç alerjisi, diş ve diş eti problemleri ağız içi mukozanın bütünlüğünün bozulması, vücut direncinde azalmaya yol açan hastalıklar, fiziksel ve emosyonel stres ile travma ülseri neden olabilir. Bunun yanında yanlışlıkla ısırma, çeşitli yiyecekler, hatalı bir şekilde dişleri fırçalama, kırık dişler, kötü protezler, ağız içerisinde yaralanmaya ve travmatik ülserler nedenleridir.
