Baybaşin hakkında, "o zamana kadar planlı olarak gerçekleştirilen operasyonlarda ele geçirilen en yüksek miktardaki kokainin Ambarlı Gümrüğü'nden çıkarılıp yurt dışına gönderilmesini organize etmesi için Mehmet Sait Özmen'le anlaştığı" gerekçesiyle dava açıldı. Baybaşin ve 16 kişinin yargılanmasına İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nce Ağustos 2011'de başlandı.
Davanın karar duruşmasında son sözleri sorulan Baybaşin, hakkındaki suçlamaları kabul etmeyerek, "İçinde uyuşturucu bulunan konteyner ile hiç bir ilgim yoktur. Olay 1,5 yıldan beri polis tarafından takip ediliyordu. Beni son 10 gün olaya dahil etmişler. Ben daha önceden de cezaevindeydim. Suçsuzum, beraatimi istiyorum" dedi.
Davayı karara bağlayan mahkeme, Abdullah Baybaşin'i, "suç işlemek için örgüt kurmak ve yönetmek" suçundan 2 yıl 11 ay hapisle cezalandırdı. Sanığın "suç işlemek kastının yoğunluğu, suçun işleniş biçimi"ni dikkate alan mahkeme, Baybaşin'e "uyuşturu madde ticareti yapmak ve ithal etmek" suçundan üst sınıra göre hapis cezası uyguladı. Sanığın yargılama sürecindeki davranışları ve cezanın sanığın geleceği üzerindeki olası etkilerini dikkate alan mahkeme, Baybaşin'e "uyuşturucu madde ithal etmek ve ticaretini yapmak" suçundan da 37 yıl 6 ay hapis ve 750 bin lira adli para cezası verdi. Baybaşin toplamda 40 yıl 5 ay hapis cezasına çarptırıldı.
"Caneze evinden kaçan uyuşturucu baronu"
Mahkeme, kardeşinin ölümü üzerine Şubat 2012'de cezaevinden izinli alarak katıldığı Bahçelievler'deki cenaze evinden kaçan uyuşturucu baronu Mehmet Sait Özmen'e "suç işlemek için örgüt kurmak ve yönetmek" suçundan 3,5 yıl, "uyuşturucu madde ithal etmek ve ticaretini yapmak" suçundan 45 yıl hapis ve 900 bin lira adli para cezası verdi. Yargılama sürecinde firar etmesi nedeniyle iyi hal indirimi uygulanmayan Özmen, toplamda 48 yıl 6 ay hapis cezası almış oldu.
Sanıklar Nematollah Ahmedi, İbrahim Akpınar, Ricardo Alarcon Ocampo ve Abdülbaki Hamza'yı "örgüte üye olmak" suçundan 2 yıl 1'er ay, "uyuşturucu madde ithal etmek" suçundan 30'ar yıl hapis ve 337 bin 500'er lira adli para ile cezalandıran mahkeme, Kadri Aslan, Erdal Akkurt ve Brian Mckay'ı "örgüte üye olmak" suçundan 1 yıl 3'er ay, "uyuşturucu madde ithal etmek" suçundan 22 yıl 6'şar ay ve 112 bin 500'er lira adli para cezasına mahkum etti.
Mahkeme, Abdullah Baybaşin'in oğlu Çağdaş Baybaşin ile Özmen'in oğlu Erhan Özmen ve Serkan Çetin'i "suç örgütüne bilerek ve isteyerek yardım etme" suçundan 1 yıl 15'er gün, "uyuşturucu madde ithal etmek" suçundan 11 yıl 3'er ay ve 56 bin 250'şer lira para cezasıyla cezalandırdı.
Tuncay Akpınar'a "bilerek ve isteyerek yardım etmek" suçundan verilen 10 ay hapis cezasının hükmünün açıklanmasını geri bırakan mahkeme, savunmaları alınamayan İngiltere'de tutuklu bulunan Abdullah Baybaşin'in kardeşi Mehmet Şirin Baybaşin ile Ercan Özmen ve Mehmet Arif Kaynak hakkındaki davanın da ayrılmasına karar verdi.