Bu arada Ak Parti’nin önergeleriyle teklifte bazı değişikliklere gidilerek Cumhurbaşkanı’nın yetkileri artırıldı.
Buna göre Genelkurmay Başkanları’nda olduğu gibi herhangi bir nedenle suçlanan MİT Müsteşarı’nın yargılanıp yargılanmayacağı konusunda son kararı Cumhurbaşkanı verecek.
Yasadaki MİT görevlileriyle ilgili doğrudan işlem yapılmasını engelleyen hüküm de yeniden düzenlendi.
Buna göre savcılar MİT faaliyetleriyle ilgili ihbar veya şikayet aldıklarında öncelikle MİT Müsteşarlığı’na bildirecekler.
Müsteşarlığın konunun görev ve faaliyetlerine ilişkin olduğunu belirtmesi halinde hiçbir işlem yapılmayacak.
MİT Müsteşarı Hakan Fidan’ın 7 Şubat 2012′deki soruşturma kapsamında tekrar ifadeye çağrılmasını engelleyen hüküm de kaldırıldı.
Teklifteki, “Aynı konuya ilişkin yeniden soruşurma yapılamaz.” ifadesi değiştirilerek, “Aynı konuya ilişkin yeni ve somut bir delil ortaya çıkmadan yeniden soruşturma yapılamaz.” denildi.