Külliyedeki eserler günümüze ulaşıncaya kadar hem doğal, hem de insanların yaptıkları uygulamalardan zarar gördü. 1855 yılındaki Bursa depreminde zarar gören Yeşil Türbe ve Külliye için dönemin valisi Ahmet Vefik Paşa’nın önerisi üzerine Fransız Mimar Leon Parville Bursa’ya davet edildi. Parville’nin yürüttüğü restorasyon çalışmaları 1864-1867 yılları arasında yapıldı ve Parville buradaki çalışmalarını 1874 yılında 'Doğu Mimarisi' adlı kitapta topladı. Parville, depremden zarar gören bu tarihi yapıları yıkılmaktan kurtarırken, içlerinde yaptığı restorasyonla bir dönemin izlerinin silinmesine neden oldu. 15’nci yüzyıldan kalem işlerinin üzerini sıva ile kaplayan Parville, dönemin modasına uygun olarak, Osmanlı ile uzaktan yakından ilgisi olmayan Barok desenler çizdirdi.
