Ülseratif Kolit: Kolon ve rektumun iç çeperinde ülserlere ve tahrişe neden olan "ülseratif kolit" ile kronik ve iltihabi bir bağırsak hastalığı olan "Crohn hastalığı" tekrar eden aftlara neden olabilir. Çölyak Hastalığı: Glüten intoleransı nedeniyle bağırsaklarda sorunlara yol açan çöyak hastalığı bazı vitamin ve minerallerin vücut tarafından emilmesine engel olarak aft yaralarına yol açabilir.