Sonra sırasıyla Kıbrıs Beylerbeyi, 1594'de Şam valisi; 1595'de Diyarbakır valisi olarak görevlere tayin edildi. Diyarbakır Valisi iken bu valilik üzerinde kalmak şartıyla 1593-1606 Osmanlı-Avusturya Savaşı'nın 1595 Avusturya Seferi'ne katılmak üzere ayrıldı.
Uzun yıllar Macaristan cephesinde askeri hizmet gördü. Eylül-Ekim 1596 Eğri Kuşatması ve 24-26 Ekim 1596 Haçova Savaşı'nda öncü güçler arasında yer alıp büyük cesaret gösterdi. 1600'de Kanije seferinde Bobofça Kalesini ele geçirdi. 1603'de Rumeli beylerbeyliği ile Budin Muhafızlığı görevi verildi. 1605'de “Dördüncü Vezir” rütbesi ile şereflendirilip kubbe veziri yapıldı. 1606'da İran seferine serdar tayin edilen Serdar-ı Ekrem ve Sadrazam Sokolluzade Lala Mehmed Paşa Macaristan cephesinden ayrılması gerekince, sadrazam Kuyucu Murat Paşa'yı Macaristan (Engürüs) cephesi serdarı olarak görevlendirdi. Sokolluzade Lâla Mehmed Paşa tarafından Avusturyalılar ile başlatılan barış müzakereleri Kuyucu Murat Paşa tarafından devam ettirildi. Bu antlaşmanın son metnini hazırlayan Osmanlı heyetinde Kadızade Ali Efendi ve Habil Efendi ile birlikte bulundu. 11 Kasım 1606'da Zitvatorok Antlaşması bu uzun savaşı sona erdirdi. Bu barış antlaşmasının Osmanlı Devleti'nin imzalandığı en istifadeli antlaşma olduğu kabul edilmektedir.
Kuyucu Murat Paşa, Anadolu'da çıkan Celalî İsyanları karışıklıklarının Avusturya cephesindeki Osmanlı ordularına büyük etkileri olduğunu bilmekteydi ve Avusturya ile savaşın hemen bitirilerek bu iç ayakalanmalara merkezi devlet gücünün yöneltilmesini istemekteydi. Bu antlaşma müzakereleri sona erip antlaşma imzalandıktan sonra Kuyucu Murat Paşa, Belgrad'a döndüğü zaman, sadrazam olan Boşnak Derviş Mehmed Paşa'nın 9 Aralık 1606'da azledilip idam edildiği haberi oraya ulaştı. Yerine, Şeyhülislam Sunullah Efendi'nin tavsiyelerine uyan Sultan I. Ahmet Kuyucu Murat Paşa'yı sadrazam olarak tayin etti. Mühr-ü humayun 11 Aralık 1606'da Belgrad'da Kuyucu Murat Paşa'ya erişti.
