Kuyucu Murat Paşa'nın yaşı epeyce ileri olduğu için Anadolu'nun birçok yöresini kapsayan bu kampanyasında uzun zaman at üzerinde bulunması yaşına göre zor olduğu için kendini ata bağlattırdığı bildirilmektedir. "Kuyucu" lakabını öldürttüğü Celalî isyancılarının ve onların destekçilerini ölü ve diri derin kuyulara gömdürmesi nedeni ile almıştır. Yıllarca Anadolu'da öldürttüğü kişilerin kellelerinden yaptırdığı piramitler bir korku hikayesi olarak anlatıldı. Çok soğukkanlı, çok gaddar ve amansız olduğu bilinmektedir. Yaşa başa bakmadan; erkek, kadın, Celali eşkiyasına destek verdiğini kabul edilen herkesi öldürtmeyi amaç edinmişti. Bu kampanya sırasında Anadolu'da öldürttüğü kişi sayısının 30.000 kişiyi geçtiği bildirilmektedir.
İstanbul'a döndüğünde 1609 başında İran hükümdarı Şah Abbas'a karşı yeni bir İran seferi hazırlıkları başlamıştı. Sultan'la gizli görüşmelerden sonra Kuyucu Murad Paşa sefer serdarı tayin edildi. Sefere çıkmadan ordunun hazırlanması için Sadrazam Kuyucu Murad Paşa, Üsküdar'da ordugâhta kaldı ve oradan sefer hazırlıklarını idare etti. Celalileri bastırma operarasyonuna da hâlâ devam edip önceki yıl yakalayamadığı birçok Celali başbuğunu rütbe ve görev verme sözüyle kandırıp Üsküdar'a getirip birer ikişer idam ettirdi.
1610'da başlayan bu seferde Şah Abbas üzerine etkili faaliyette bulunamadı. Seferin mevsim zamanı çok gecikmişti. Osmanlı ordusu Tebriz yakınlarına kadar geldi. Ama İranlılar 1604'den beri ellerine geçirdikleri Revan, Tebriz ve Gürcistan ve yörelerindeki kazançlarını kuvvetlendirmeye koyulmuşlardı. Osmanlı ordusu bu yöreleri geri alamadı. Kuyucu Murad Paşa Diyarbakır'a çekildi.
1610'dan itibaren İran elçileri ile sulh müzakereleri başlayıp ilerledi. Kuyucu Murad Paşa bu müzakerelerin esaslarını oluşturacak müzakerelere katıldı. Fakat müzekereler Nasuh Paşa tarafından bitirildi. Ölümünden sonra 20 Kasım 1612'de imzalanan barış anlaşmasına Nasuh Paşa Antlaşması adı verildi.
Yaşı epeyce ileri olan serdar Kuyucu Murat Paşa 15 Ağustos 1611'de ordugâhı bulunan Diyarbakır'da vefat etti. Serveti ondan sonra sadrazam olan Nasuh Paşa tarafından devletçe müsadere edildi. Naaşı İstanbul'a nakledilerek Vezneciler'de yaptırdığı "Kuyucu Murat Paşa Külliyesi"ndeki medresesi yanında bulunan türbesine gömüldü.
