Sinek kuşuna mı, yoksa ilişkili olan soyu bitmiş Jungorninthidae familyasına mı ait olduğu belli olmayan kuş fosilleri Almanya'daki Messel taş ocağında ve Kafkasya'da bulunmuştur. Bu fosillerin 35-40 milyon yıl öncesine dayandığı belirlendiğinden bu iki familyanın bu tarihte ayrıştığı anlaşılmıştır. Fosillerin bulunduğu yerler o dönemlerde günümüzde kuzey Karaipler veya güney Çindekine benzer bir iklime sahipti. Halen bilinmeyen ise, ilkel Eurotrochilus ve modern fosiller arasında geçen 25 milyon yıl zarfında sinek kuşlarına ne olduğudur. Bu tarihlerde sinek kuşlarının boyları küçülmüş, Amerika'ya yayılmışlar ve Avrupa'da soyları tükenmiştir. DNA-DNA hibridizasyon sonuçlarına göre Güney Amerika'daki sinek kuşlarının başlıca yayılması Miyosen devrinde, 12-13 milyon yıl önce, And Dağları yükselirken gerçekleşmiştir.
