Şehzade Mustafa’nın idam edilmesi, her ne kadar kanununa uydurulmuş ve sahte delillerle insanlar kandırılmış dahi olsa, memleket içinde büyük sıkıntılar meydana getirmiştir. Hadiseye üzülen Şehzade Cihangir, aynı yıl üzüntüsünden vefat etmiştir. Asker çok ciddi manada rahatsız olmuş ve ısrarla Sadrazam Rüstem Paşa’nın azli istenmiş ve mecburen azledilmiştir. En acısı da İran Seferinden vazgeçilmiştir; zira askerin önemli bir kısmı karşı tarafa meyletmeye başlamıştır. Halk arasında Şehzade Mustafa destanlaşmış ve adına çok önemli mersiyeler yazılmıştır. Hatta Düzmece Mustafa adıyla ortaya çıkan birisi, binlerce insanı çevresine onun adıyla toplayabilmiştir.
